Aalborg Kloster blev  stiftet som helligåndshus og hospital, men senere blev det ophøjet til kloster. Bygningerne er opført i flere omgange i løbet af 1400-tallet og begyndelsen af 1500-tallet.
Helligåndshuset blev oprettet, fordi der var alvorlige problemer med at huse syge og fattige mennesker. Dog blev spedalske nægtet adgang - de holdt til på Skt. Jørgens Hospital (Det er nu Huset i Hasserisgade).
Klostret blev bygget op omkring to gårdspladser og husede både munke og nonner, der naturligvis havde hver sin gård.

Derudover var der lægbrødre, hittebørn og fattige. I 1455 var der 5 præster, 8 lægbrødre, 23 nonner, en prior og en priorinde. Man ved ikke, hvor mange børn der boede på klostret, men det anslås til omkring 360.

Opdragelsen af hittebørnene var Helligåndsklostrets vigtigste forpligtelse. Børnene blev både opdraget og undervist. Drengene fik en håndværkeruddannelse, og pigerne lærte at styre husholdning.

Efter reformationen blev klostret omdannet til hospital.